4 Softwareprogramme

Im Rahmen dieses Praktikums werden Sie mit folgenden Softwarewerkzeugen arbeiten:

GROMACS

GROMACS (GROningen MAchine for Chemical Simulations) dient zur Vorbereitung, Durchführung und Auswertung der Molekulardynamik-Simulationen. Mit diesem Programm werden Sie alle wesentlichen Schritte der MD-Simulation durchführen.

Webseite: (https://www.gromacs.org/)

PyMOL

PyMOL wird zur Visualisierung und Analyse der Molekülstrukturen eingesetzt. Mit diesem Programm können Sie die Geometrie des RNA-Hairpins sowie die Simulationsergebnisse dreidimensional darstellen und strukturelle Veränderungen visuell nachvollziehen.

Webseite: (https://pymol.org/)

Python mit Jupyter Notebook

Für die Auswertung der Simulationsdaten verwenden Sie Python in einer Jupyter-Notebook-Umgebung. Dabei kommen die wissenschaftlichen Bibliotheken NumPy, pandas, matplotlib und MDAnalysis zum Einsatz, um die Ergebnisse systematisch zu analysieren, statistisch auszuwerten und grafisch darzustellen.

Webseite Jupyter: (https://jupyter.org/)

Webseite MDAnalysis: (https://www.mdanalysis.org/)