# 4 Softwareprogramme


Im Rahmen dieses Praktikums werden Sie mit folgenden Softwarewerkzeugen arbeiten:

### GROMACS 

**GROMACS** (GROningen MAchine for Chemical Simulations) dient zur Vorbereitung, Durchführung und Auswertung der
Molekulardynamik-Simulationen. Mit diesem Programm werden Sie alle wesentlichen Schritte der MD-Simulation durchführen.

Webseite: (<a href="https://www.gromacs.org/" target="_blank">https://www.gromacs.org/</a>)

### PyMOL

**PyMOL** wird zur Visualisierung und Analyse der Molekülstrukturen eingesetzt. Mit diesem Programm können Sie die
Geometrie des RNA-Hairpins sowie die Simulationsergebnisse dreidimensional darstellen und strukturelle Veränderungen
visuell nachvollziehen.

Webseite: (<a href="https://pymol.org/" target="_blank">https://pymol.org/</a>)

### Python mit Jupyter Notebook

Für die Auswertung der Simulationsdaten verwenden Sie Python in einer Jupyter-Notebook-Umgebung.
Dabei kommen die wissenschaftlichen Bibliotheken **NumPy**, **pandas**, **matplotlib** und **MDAnalysis** zum Einsatz, um die Ergebnisse
systematisch zu analysieren, statistisch auszuwerten und grafisch darzustellen.

Webseite Jupyter: (<a href="https://jupyter.org/" target="_blank">https://jupyter.org/</a>)

Webseite MDAnalysis: (<a href="https://www.mdanalysis.org/" target="_blank">https://www.mdanalysis.org/</a>)